舟山港综合保税区总规划面积为5。85平方公里，分本岛分区和衢山分区。其中本岛分区主要功能定位为以海洋装备制造业、海洋生物产业、电子信息产业等先进制造业及仓储物流、进出口贸易为主；衢山分区则重点发展煤炭、矿石、油品等大宗商品的仓储、配送业务，将成为我国重要的大宗商品仓储、中转基地。2011年舟山港域货物吞吐量达2。6亿吨，位居中国十大港口之列。新设立的舟山港综合保税区将成为浙江海洋经济发展示范区的重要载体和舟山群岛新区的核心功能区。未来，舟山港综合保税区内，将涉及保税加工业、保税物流业、大宗商品仓储物流贸易产业、航运服务业和保险金融业等主要产业，重点培育船舶和海洋工程交易租赁、国际进口商品展示交易和大宗商品保税交易三大市场。
一、舟山港综合保税区片区规划
按照功能定位，结合群岛实际，舟山保税港区按“一区两片”模式，设置本岛分区和衢山分区，规划总面积6。03平方公里。
（一）本岛分区
位于舟山本岛北部的舟山经济开发区新港工业园区，规划面积约3。01平方公里。拟规划建设5万吨泊位2座，3万吨泊位2座（其中1座预留），作为综合保税区的配套码头设施，配套岸线长度为1163米。
（二）衢山分区
位于衢山鼠浪湖岛。规划面积约为3。02平方公里。拟规划建设干散货和液体散货码头。设置41万吨泊位1座，20万吨泊位1座，15万吨泊位1座，10万吨泊位3座，5万吨泊位4座，占用岸线长度3675米。总占用岸线长度约4838米。
二、舟山港综合保税区总体定位
以大宗商品为主的综合性保税港区。利用综合保税区特有的功能政策优势，大力发展海洋经济，建设成为浙江海洋经济发展示范区的重要载体，舟山群岛新区发展的核心功能区，努力发展成为面向亚太地区以大宗商品为主的综合保税区。
（一）本岛定位
舟山港综合保税区本岛分区的功能定位为以海洋装备制造业、海洋生物产业、电子信息产业等先进制造业和仓储物流为重点，探索建立区域性大宗商品定价中心，发展航运服务业、保险金融业和咨询研发、商品会展、租赁等相关服务业。
（二）衢山定位
发挥其深水岸线资源优势，主要功能定位为大宗商品（煤炭、矿石、油品和液体化工品等）中转、储运。
三、舟山港综合保税区政策优惠
舟山港综合保税区享受综保区保税、退税、免税等特殊优惠政策，承担着扩大和深化舟山群岛新区开发开放等方面的先行先试任务，在享受国家给予舟山的特殊优惠政策的同时，通过在海关监管、口岸开放、金融服务、产业扶持等方面的体制创新和机制改革，成为政策的高地。
四、配套设施
（一）箱船和大型油轮、大宗散货船舶及更先进船型的通行和靠泊，是我国建设大型现代化深水港的理想港址。舟山港综合保税区本岛分区规划建设2个5万吨级泊位，2个3万吨级泊位，作为综合保税区的配套码头设施，配套岸线长度1218米；衢山分区已通过核准建设41万吨和15万吨级大型散货泊位，为开展铁矿石、煤炭、液体散货等保税业务提供有利条件，拟规划建设大小10个泊位，总占用岸线长度3375米。
（二）开通对日直航航线。2015年3月13日，浙江舟山港综合保税区对日直航航线正式开通。舟山至日本集装箱班轮航线班期为每周一班，停靠东京、大阪、神户、名古屋、横滨等五大港口，实现与日本主要港口的全面对接。该航线由舟山港综合保税区保税物流发展有限公司同太仓港集装箱海运有限公司共同合作经营。此次首航船舶为“远星号”，出口货物主要为水产品，进口货物主要以船舶配件为主。舟山港综合保税区开通日本国际集装箱班轮航线可以在综保区通关大厅一站式报关出口，每一标准箱可为企业节约500元以上。舟山港综合保税区管委会主任贝璐国表示，舟山至日本国际集装箱班轮航线的开通是继开通至日韩、欧美、东南亚外贸内支线后，综保区对接舟山江海联运服务中心、打造海上运输物流大通道的又一项重要举措。大大缩短了企业的物流周期和成本。为新区、综保区增添了重要的物流功能，标志着群岛新区进一步对外开放的新突破。
五、产业导向
海洋产业。2011年，舟山海洋经济增加值525亿元，占地区生产总值（GD口总额74。7亿美元。全市实现工业总产值1440。6亿元，其中船舶工业实现产值666。4亿元，造船业三大指标均占全国份额的10％以上。